Ny studie: Innovativt verktyg förändrar visualisering av singelcellsdata med sCIRCLE för interaktiv analys

StockholmForskare har skapat ett nytt verktyg som gör det mycket enklare att visualisera data från enskilda cellanalyser. Detta verktyg, som fått namnet sCIRCLE, utvecklades av Helmholtz-institutet för RNA-baserad infektionsforskning (HIRI) och Tekniska högskolan för tillämpad vetenskap i Würzburg-Schweinfurt (THWS).

Viktiga funktioner hos sCIRCLE:

• Interaktiv 3D-visualisering
• Utforskning i realtid
• Integrering av berikade metadata
• En mängd olika filter och inställningar
• Kompatibilitet med virtuell verklighet (VR)

Antibiotikaresistens är ett stort problem globalt. Det är viktigt att förstå hur bakterier utvecklar resistens. Enkelcells-RNA-sekvensering (scRNA-seq) möjliggör detaljerad studie av bakteriers genaktivitet. Dock är den stora datamängd som genereras svår att visualisera och analysera.

sCIRCLE gör det enkelt för forskare att hantera och visualisera scRNA-seq data. De kan i realtid analysera enskilda celler med ytterligare information från olika perspektiv. Detta underlättar för dem att fokusera på specifika cellgrupper eller gener de är intresserade av.

Lars Barquist, en datorbiolog vid HIRI och professor vid Universitetet i Toronto, inledde studien. Han betonade vikten av samarbete för att utveckla sådana verktyg. Han nämnde att sCIRCLE underlättar att analys av dataset tillsammans eller visar resultat.

Läs också:

Idag · 21:21

Bakterier modifierar ribosomer för att undvika antibiotika: ny strategi för överlevnad avslöjad

sCIRCLE inkluderar nu Virtual Reality (VR)-funktioner för enkel visualisering av 3D-data. Teamet har som mål att förbättra detta genom att skapa mer engagerande och användarvänliga virtuella miljöer för datautforskning i framtiden.

Forskarna vid HIRI använde verktyget flitigt. De samlade information från olika grupper och gav återkoppling under hela processen. Detta samarbete resulterade i en produkt som blivit uppskattad av det vetenskapliga samfundet.

Teamets arbete betonar vikten av samarbete mellan olika områden och institutioner. Erich Schöls, professor i interaktiv media vid THWS, övervakade Seeger tillsammans med Barquist. Schöls hoppas på mer teamwork i framtiden och säger att detta bara är början på att skapa lättanvända verktyg för dataanalys.

sCIRCLE representerar ett betydande framsteg inom visualisering av enkellcellsdata. Det är enkelt att använda och har kraftfulla funktioner, vilket gör det värdefullt för forskare som arbetar med stora datamängder. Samarbetet mellan bioinformatik och design har skapat en produkt som är både funktionell och visuellt tilltalande. Utvecklingen av sCIRCLE öppnar nya möjligheter för framtida forskning och kan leda till ännu mer avancerade verktyg framöver.