Nueva herramienta revoluciona la visualización de datos de células individuales

MadridCientíficos han creado una nueva herramienta que facilita enormemente el análisis de datos a nivel de una sola célula. Esta herramienta, denominada sCIRCLE, fue desarrollada por el Instituto Helmholtz para la Investigación de Infecciones Basadas en ARN (HIRI) y la Universidad Técnica de Ciencias Aplicadas de Würzburg-Schweinfurt (THWS).

Características Principales de sCIRCLE:

• Visualización 3D interactiva
• Exploración en tiempo real
• Integración de metadatos enriquecidos
• Variedad de filtros y configuraciones
• Compatibilidad con Realidad Virtual (VR)

La resistencia a los antibióticos es un problema grave a nivel mundial. Es fundamental comprender cómo las bacterias desarrollan esta resistencia. La secuenciación de ARN de células individuales (scRNA-seq) permite estudiar con detalle la actividad genética bacteriana. Sin embargo, la gran cantidad de datos que genera es difícil de visualizar y analizar.

sCIRCLE permite a los investigadores visualizar y manipular datos de scRNA-seq de manera sencilla. Además, pueden observar células individuales con detalles adicionales desde diversas perspectivas en tiempo real. Esto les facilita concentrarse en grupos celulares específicos o genes de su interés.

Lars Barquist, biólogo computacional en HIRI y profesor en la Universidad de Toronto, inició el estudio. Subrayó la importancia de la colaboración para desarrollar herramientas de este tipo. Además, mencionó que sCIRCLE facilita el análisis conjunto de conjuntos de datos o la presentación de resultados.

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sCIRCLE ahora incluye características de Realidad Virtual (VR) para visualización básica de datos en 3D. El equipo busca mejorar esto creando entornos virtuales más atractivos y fáciles de usar para explorar datos en el futuro.

Investigadores del HIRI probaron mucho la herramienta. Usaron información de varios grupos y ofrecieron retroalimentación durante el proceso. Este trabajo en equipo dio como resultado un producto que la comunidad científica aprecia.

El trabajo del equipo destaca la importancia de colaborar entre diversas disciplinas e instituciones. Erich Schöls, profesor de medios interactivos en la THWS, supervisó a Seeger junto con Barquist. Schöls espera más colaboración en el futuro, subrayando que esto es solo el comienzo de la creación de herramientas de análisis de datos fáciles de usar.

sCIRCLE representa un avance significativo en la visualización de datos a nivel celular individual. Su facilidad de uso y características potentes lo hacen indispensable para los investigadores que manejan grandes conjuntos de datos. La colaboración entre bioinformática y diseño ha dado lugar a una herramienta funcional y visualmente atractiva. El desarrollo de sCIRCLE abre nuevas oportunidades para futuras investigaciones y podría conducir a herramientas más avanzadas en el futuro.