Nouvel outil révolutionnaire : une visualisation 3D interactive unique des données cellulaires avec sCIRCLE

ParisDes chercheurs ont conçu un nouvel outil simplifiant grandement l'analyse des données des cellules individuelles. Cet outil, nommé sCIRCLE, a été mis au point par l'Institut Helmholtz de recherche sur les infections basées sur l'ARN (HIRI) et l'Université des sciences appliquées de Würzburg-Schweinfurt (THWS).

Caractéristiques Essentielles de sCIRCLE :

• Visualisation 3D interactive
• Exploration en temps réel
• Intégration de métadonnées enrichies
• Large choix de filtres et paramètres
• Compatibilité avec la Réalité Virtuelle (VR)

La résistance aux antibiotiques constitue un enjeu mondial. Comprendre comment les bactéries développent cette résistance est crucial. Le séquençage ARN unicellulaire (scRNA-seq) permet d'étudier en profondeur l'activité génétique des bactéries. Cependant, la vaste quantité de données générées rend la visualisation et l'analyse complexes.

sCIRCLE permet aux chercheurs de consulter et de manipuler facilement les données scRNA-seq. Ils peuvent explorer des cellules individuelles avec des informations détaillées depuis diverses perspectives en temps réel. Cela leur permet de se concentrer sur des groupes de cellules ou des gènes spécifiques qui les intéressent.

Lars Barquist, biologiste computationnel à HIRI et professeur à l'Université de Toronto, a initié cette recherche. Il a insité sur l'importance de la collaboration pour la création de tels outils. Il a évoqué que sCIRCLE facilite l'analyse conjointe des ensembles de données et la présentation des résultats.

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sCIRCLE propose désormais des fonctionnalités de Réalité Virtuelle (RV) pour la visualisation basique de données en 3D. L'équipe espère améliorer cette offre en créant prochainement des environnements virtuels plus immersifs et faciles à utiliser pour l'exploration des données.

Des chercheurs de l'HIRI ont expérimenté abondamment avec l'outil. Ils ont sollicité des retours d'information de divers groupes au cours du processus. Cette collaboration fructueuse a abouti à un produit apprécié par la communauté scientifique.

Les travaux de l'équipe soulignent l'importance de la collaboration entre différents domaines et institutions. Erich Schöls, professeur de médias interactifs à la THWS, a supervisé Seeger avec Barquist. Schöls espère davantage de travail d'équipe à l'avenir, affirmant que ce n'est que le début de la création d'outils d'analyse de données faciles à utiliser.

sCIRCLE représente une avancée majeure dans la visualisation des données monocellulaires. Son utilisation est simple et ses fonctionnalités puissantes, le rendant précieux pour les chercheurs manipulant de vastes ensembles de données. La collaboration entre la bioinformatique et le design a permis de créer un outil à la fois fonctionnel et esthétiquement plaisant. Le développement de sCIRCLE ouvre de nouvelles perspectives pour la recherche future et pourrait engendrer des outils encore plus avancés.