Nova ferramenta revoluciona a visualização de dados de célula única, diz estudo.

São PauloCientistas desenvolveram uma nova ferramenta que facilita muito a visualização de dados de análise de célula única. Essa ferramenta, chamada de sCIRCLE, foi criada pelo Instituto Helmholtz para Pesquisa de Infecção Baseada em RNA (HIRI) e pela Universidade Técnica de Ciências Aplicadas de Würzburg-Schweinfurt (THWS).

Principais Recursos do sCIRCLE:

• Visualização 3D interativa
• Exploração em tempo real
• Integração de metadados enriquecidos
• Diversidade de filtros e configurações
• Compatibilidade com Realidade Virtual (VR)

A Resistência aos Antibióticos: Desafio Global e a Importância do Sequenciamento de RNA de Célula Única

A resistência aos antibióticos é um problema crítico no mundo todo. Compreender como as bactérias se tornam resistentes é essencial. O sequenciamento de RNA de célula única (scRNA-seq) permite estudar a atividade gênica bacteriana em detalhes. No entanto, o grande volume de dados gerados torna a visualização e a análise desafiadoras.

sCIRCLE permite aos pesquisadores visualizar e trabalhar com dados de scRNA-seq facilmente. Eles podem observar células individuais com detalhes adicionais de diversas perspectivas em tempo real. Isso facilita o foco em grupos celulares ou genes específicos do seu interesse.

Lars Barquist, biólogo computacional no HIRI e professor na Universidade de Toronto, iniciou o estudo. Ele destacou a importância da colaboração na criação dessas ferramentas. Barquist explicou que o sCIRCLE facilita a análise conjunta de conjuntos de dados e a apresentação dos resultados.

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sCIRCLE agora inclui recursos de Realidade Virtual (VR) para visualização básica de dados em 3D. A equipe pretende aprimorar isso, criando ambientes virtuais mais atrativos e fáceis de usar para explorar dados no futuro.

Pesquisadores do HIRI testaram bastante a ferramenta. Eles utilizaram informações de vários grupos e forneceram feedback durante o processo. Essa colaboração resultou em um produto que a comunidade científica aprecia.

O trabalho da equipe destaca a importância da colaboração entre diversos campos e instituições. Erich Schöls, professor de mídia interativa na THWS, supervisionou Seeger juntamente com Barquist. Schöls espera mais cooperação no futuro, afirmando que este é apenas o início na criação de ferramentas fáceis de usar para análise de dados.

sCIRCLE representa um grande avanço na visualização de dados de célula única. Fácil de usar e com recursos poderosos, é uma ferramenta valiosa para os pesquisadores que lidam com grandes conjuntos de dados. A colaboração entre bioinformática e design resultou em um produto funcional e visualmente atraente. O desenvolvimento do sCIRCLE abre novas oportunidades para pesquisas futuras e pode levar à criação de ferramentas ainda mais avançadas.