Neue Studie: Innovatives Tool revolutioniert Visualisierung von Einzelzelldaten (sCIRCLE)

BerlinWissenschaftler haben ein neues Werkzeug entwickelt, das es wesentlich einfacher macht, Daten aus Einzelzellanalysen zu visualisieren. Das Tool, genannt sCIRCLE, wurde vom Helmholtz-Institut für RNA-basierte Infektionsforschung (HIRI) und der Technischen Hochschule Würzburg-Schweinfurt (THWS) entwickelt.

Wichtige Funktionen von sCIRCLE:

• Interaktive 3D-Visualisierung
• Echtzeit-Erkundung
• Integration erweiterter Metadaten
• Vielzahl an Filtern und Einstellungen
• Kompatibilität mit Virtual Reality (VR)

Antibiotikaresistenzen sind weltweit ein großes Problem. Es ist wichtig zu verstehen, wie Bakterien resistent werden. Einzelzell-RNA-Sequenzierung (scRNA-seq) ermöglicht eine detaillierte Untersuchung der Genaktivität von Bakterien. Doch die riesigen Datenmengen, die dabei entstehen, sind schwer zu visualisieren und zu analysieren.

sCIRCLE ermöglicht es Forschern, scRNA-seq-Daten einfach anzusehen und zu bearbeiten. Sie können einzelne Zellen mit zusätzlichen Details aus verschiedenen Perspektiven in Echtzeit betrachten. Dies hilft ihnen, sich auf bestimmte Zellgruppen oder Gene zu konzentrieren, die sie interessieren.

Lars Barquist, ein Computationsbiologe am HIRI und Professor an der Universität Toronto, initiierte die Studie. Er betonte die Wichtigkeit der Zusammenarbeit zur Entwicklung solcher Werkzeuge. Er erwähnte, dass sCIRCLE dabei hilft, Datensätze gemeinsam zu analysieren und Ergebnisse zu visualisieren.

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sCIRCLE bietet jetzt Virtual-Reality-(VR)-Funktionen für grundlegende 3D-Datenvisualisierung an. Das Team plant, dies künftig weiter zu verbessern, indem es nutzerfreundlichere und fesselndere virtuelle Umgebungen zur Datenexploration entwickelt.

Forscher am HIRI haben das Tool intensiv getestet. Sie nutzten Informationen aus verschiedenen Gruppen und gaben während des Prozesses Feedback. Durch diese enge Zusammenarbeit entstand ein Produkt, das in der wissenschaftlichen Gemeinschaft Anklang findet.

Die Arbeit des Teams verdeutlicht die Notwendigkeit der Zusammenarbeit über verschiedene Disziplinen und Institutionen hinweg. Erich Schöls, Professor für Interaktive Medien an der THWS, betreute Seeger gemeinsam mit Barquist. Schöls hofft auf vermehrtes Teamwork in der Zukunft und sagt, dies sei erst der Anfang zur Schaffung benutzerfreundlicher Werkzeuge für die Datenanalyse.

sCIRCLE stellt einen bedeutenden Fortschritt in der Visualisierung von Einzelzellendaten dar. Es ist benutzerfreundlich und bietet leistungsstarke Funktionen, die Forschern bei der Arbeit mit großen Datensätzen hilfreich sind. Durch die Zusammenarbeit von Bioinformatik und Design entstand ein Produkt, das sowohl funktional als auch ästhetisch ansprechend ist. Die Entwicklung von sCIRCLE eröffnet neue Möglichkeiten für zukünftige Forschung und könnte zu noch fortschrittlicheren Werkzeugen führen.