Nuova scoperta: strumento innovativo rivoluziona la visualizzazione dei dati a cella singola

RomeGli scienziati hanno creato uno strumento innovativo che facilita notevolmente l'analisi dei dati a singola cellula. Questo strumento, chiamato sCIRCLE, è stato sviluppato dall'Istituto Helmholtz per la ricerca sulle infezioni basata sull'RNA (HIRI) e dall'Università Tecnica di Scienze Applicate Würzburg-Schweinfurt (THWS).

Caratteristiche Principali di sCIRCLE:

• Visualizzazione 3D interattiva
• Esplorazione in tempo reale
• Integrazione di metadata arricchiti
• Varie opzioni di filtri e impostazioni
• Compatibilità con la Realtà Virtuale (VR)

La resistenza agli antibiotici è un problema globale rilevante. Capire come i batteri sviluppano questa resistenza è cruciale. Il sequenziamento dell'RNA a singola cellula (scRNA-seq) permette di esaminare in dettaglio l'attività genica batterica. Tuttavia, l'enorme quantità di dati generati rende complessa sia la visualizzazione che l'analisi.

sCIRCLE permette ai ricercatori di visualizzare e lavorare facilmente con i dati di scRNA-seq. È possibile osservare cellule singole con dettagli aggiunti da diverse prospettive in tempo reale, il che facilita la concentrazione su gruppi cellulari o geni specifici di interesse.

Lars Barquist, biologo computazionale dell'HIRI e professore all'Università di Toronto, ha avviato lo studio. Ha sottolineato l'importanza della collaborazione per creare strumenti efficaci. Ha spiegato che sCIRCLE semplifica l'analisi congiunta dei dati e la visualizzazione dei risultati.

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sCIRCLE ora offre funzionalità di Realtà Virtuale (VR) per visualizzare dati 3D di base. Il team mira a migliorare ulteriormente queste capacità creando ambienti virtuali più coinvolgenti e facili da usare per l'esplorazione dei dati in futuro.

I ricercatori dell'HIRI hanno sperimentato intensamente lo strumento. Hanno utilizzato dati da vari gruppi e fornito feedback durante tutto il processo. Questo lavoro di squadra ha portato alla creazione di un prodotto molto apprezzato dalla comunità scientifica.

Il lavoro del team mette in luce la necessità di collaborare tra diversi settori e istituzioni. Erich Schöls, professore di media interattivi presso la THWS, ha supervisionato Seeger insieme a Barquist. Schöls spera in una maggiore cooperazione in futuro, affermando che questo è solo l'inizio nella creazione di strumenti facili da usare per l'analisi dei dati.

sCIRCLE rappresenta un notevole progresso nella visualizzazione dei dati a singola cellula. Di facile utilizzo e ricco di funzionalità potenti, è uno strumento prezioso per i ricercatori che gestiscono grandi set di dati. La collaborazione tra bioinformatica e design ha prodotto un risultato funzionale e visivamente accattivante. Lo sviluppo di sCIRCLE apre nuove prospettive per future ricerche e potrebbe portare alla creazione di strumenti ancora più avanzati in futuro.