Nowe badanie: innowacyjne narzędzie sCIRCLE ułatwia wizualizację danych z pojedynczych komórek RNA

WarsawNaukowcy stworzyli nowe narzędzie, które znacznie ułatwia analizę danych dotyczących pojedynczych komórek. Narzędzie to nosi nazwę sCIRCLE i zostało opracowane przez Instytut Helmholtza ds. Badań nad Infekcjami RNA (HIRI) oraz Wyższą Szkołę Techniczną w Würzburg-Schweinfurt (THWS).

Kluczowe cechy sCIRCLE:

• Interaktywna wizualizacja 3D
• Eksploracja w czasie rzeczywistym
• Wzbogacona integracja metadanych
• Różnorodność filtrów i ustawień
• Zgodność z rzeczywistością wirtualną (VR)

Oporność na antybiotyki stanowi poważny problem na całym świecie. Kluczowe jest zrozumienie, w jaki sposób bakterie nabywają oporności. Sekwencjonowanie RNA pojedynczych komórek (scRNA-seq) pozwala szczegółowo badać aktywność genów bakteryjnych. Jednak ogromna ilość danych, którą generuje ta metoda, jest trudna do wizualizacji i analizy.

sCIRCLE umożliwia badaczom łatwe przeglądanie i pracę z danymi scRNA-seq. Użytkownicy mogą obserwować pojedyncze komórki z dodatkowymi szczegółami z różnych perspektyw w czasie rzeczywistym. To ułatwia skupienie się na wybranych grupach komórek lub genach, które ich interesują.

Lars Barquist, biolog obliczeniowy z HIRI oraz profesor na Uniwersytecie w Toronto, rozpoczął to badanie. Podkreślił, że współpraca jest kluczowa dla tworzenia takich narzędzi. Zaznaczył, że sCIRCLE ułatwia wspólne analizowanie zbiorów danych oraz prezentowanie wyników.

Maximilian Seeger, student studiów magisterskich na THWS, współpracował z zespołem HIRI przy tworzeniu interfejsu. Seeger stwierdził: „Dowiedziałem się, czego potrzebują, i zbudowałem interfejs umożliwiający im eksplorację danych.”

Zobacz również:

Dzisiaj · 21:21

Bakterie zmieniają swoje rybosomy, by przechytrzyć antybiotyki i zwiększyć odporność

sCIRCLE teraz oferuje funkcje rzeczywistości wirtualnej (VR) do podstawowej wizualizacji danych 3D. Zespół zamierza to usprawnić, tworząc bardziej angażujące i łatwiejsze w obsłudze wirtualne środowiska do eksploracji danych w przyszłości.

Badacze z HIRI często testowali to narzędzie. Korzystali z informacji pochodzących z różnych grup i udzielali informacji zwrotnych podczas procesu. Dzięki tej współpracy powstał produkt, który przypadł do gustu społeczności naukowej.

Praca zespołu podkreśla znaczenie współpracy między różnymi dziedzinami i instytucjami. Profesor interaktywnej mediów na THWS, Erich Schöls, który nadzorował Seegera wspólnie z Barquistem, wyraża nadzieję na większą współpracę w przyszłości, zauważając, że to dopiero początek tworzenia prostych w użyciu narzędzi do analizy danych.

sCIRCLE to istotny krok naprzód w wizualizacji danych na poziomie pojedynczych komórek. Jest prosty w obsłudze i posiada zaawansowane funkcje, co czyni go przydatnym dla badaczy pracujących z dużymi zbiorami danych. Współpraca między dziedzinami bioinformatyki i projektowania doprowadziła do powstania produktu, który jest zarówno funkcjonalny, jak i estetyczny. Rozwój sCIRCLE otwiera nowe możliwości dla przyszłych badań i może prowadzić do stworzenia bardziej zaawansowanych narzędzi w przyszłości.