新研究：革新的ツールsCIRCLEが単一細胞RNAデータのビジュアライゼーションを変革

Tokyo科学者たちは、単一細胞解析データの視覚化を大幅に簡単にする新しいツールを開発しました。このツールは「sCIRCLE」と呼ばれ、RNAを基盤とした感染研究を行うヘルムホルツ研究所とヴュルツブルク＝シュヴァインフルト応用科学大学によって作られました。

sCIRCLEの主な特徴:

• インタラクティブな3Dビジュアライゼーション
• リアルタイムでの探索
• 充実したメタデータの統合
• 多様なフィルターと設定
• バーチャルリアリティ（VR）対応

抗生物質耐性は世界的な大問題です。細菌がどのように耐性を獲得するのかを理解することが重要です。シングルセルRNAシーケンシング（scRNA-seq）は、細菌の遺伝子活動を詳細に研究するのに役立ちます。しかし、その手法で得られる大量のデータは、可視化や解析が困難です。

sCIRCLEは研究者が簡単にscRNAシーケンシングデータを閲覧し、操作できるツールです。研究者は単一細胞を詳細にリアルタイムでさまざまな視点から観察することができ、興味のある特定の細胞群や遺伝子に集中して研究を行うことができます。

ヒリーの計算生物学者であり、トロント大学の教授であるラース・バークイストがこの研究を始めました。彼は、このようなツールを作成するためには共同作業が重要であると強調しました。また、sCIRCLEはデータセットを同時に参照したり、結果を示したりするのに役立つと述べました。

THWSの修士課程に在籍しているマキシミリアン・ズィーガーさんは、HIRIチームと協力してインターフェースを開発しました。ズィーガーさんは、「彼らのニーズを理解し、データを探ることができるインターフェースを作りました」と述べています。

関連記事:

昨日 · 23:09

母乳が守る：乳児の胃腸感染予防のカギ

このツールは利用しやすいです。「インターフェースがシンプルでわかりやすく、sCIRCLEは特にバイオインフォマティクスに詳しくない生物学者にとって有益です」とバークイスト氏は述べています。これにより、より多くの科学者が自身のデータを利用し理解することが可能になります。

sCIRCLEは現在、基本的な3Dデータの視覚化に向けて、バーチャルリアリティ（VR）機能を取り入れています。これから、データ探索のために、さらに没入感があり使いやすい仮想環境を構築することをチームは目指しています。

HIRIの研究者たちは、このツールを何度も試しました。様々なグループからの情報を活用し、プロセス中にフィードバックを行いました。その結果、科学界から支持を得る製品が誕生しました。

このチームの研究は、異なる分野や機関が協力することの重要性を示しています。THWSのインタラクティブメディア教授であるエリッヒ・ショールスは、バークイストと共にゼーガーを指導しました。ショールスは、今後のさらなる協力を望んでおり、データ分析のための使いやすいツール作成の「始まり」に過ぎないと述べています。

sCIRCLEは、シングルセルデータの可視化において重要な進歩です。使いやすく、強力な機能を備えており、大規模なデータセットを扱う研究者にとって有用です。バイオインフォマティクスとデザインの協力により、機能的でありながら視覚的にも魅力的な製品が生まれました。sCIRCLEの開発によって将来の研究に新たな可能性が開かれ、さらにはもっと高度なツールの開発につながるかもしれません。