Nieuw instrument sCIRCLE revolutioneert visualisatie van single-cell-data voor antibioticaresistentieonderzoek

AmsterdamWetenschappers hebben een nieuw hulpmiddel ontwikkeld dat het veel eenvoudiger maakt om gegevens van enkelcellen te analyseren. Dit hulpmiddel, genaamd sCIRCLE, is ontworpen door het Helmholtz Instituut voor RNA-gebaseerd Infectieonderzoek (HIRI) en de Technische Hogeschool Würzburg-Schweinfurt (THWS).

Belangrijkste Kenmerken van sCIRCLE:

• Interactieve 3D-weergave
• Verkenning in real-time
• Uitgebreide metadata-integratie
• Verscheidenheid aan filters en instellingen
• Compatibiliteit met Virtual Reality (VR)

Antibioticaresistentie is een wereldwijd groot probleem. Het is cruciaal om te begrijpen hoe bacteriën resistent worden. Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) biedt gedetailleerd inzicht in de genactiviteit van bacteriën. Echter, de enorme hoeveelheid data die dit oplevert, maakt visualisatie en analyse lastig.

sCIRCLE stelt onderzoekers in staat om eenvoudig scRNA-seq data te bekijken en ermee te werken. Ze kunnen individuele cellen in real-time zien, met aanvullende details vanuit verschillende perspectieven. Dit helpt hen om zich te concentreren op specifieke celgroepen of genen van hun interesse.

Lars Barquist, een computationeel bioloog bij HIRI en professor aan de Universiteit van Toronto, startte het onderzoek. Hij benadrukte dat samenwerking cruciaal is voor het ontwikkelen van dergelijke tools. Hij gaf aan dat sCIRCLE helpt bij het gezamenlijk analyseren van datasets of het presenteren van resultaten.

Lees ook:

Vandaag · 21:21

Bacteriën omzeilen antibiotica door moleculaire veranderingen in ribosomen voor overleving

sCIRCLE biedt nu Virtual Reality (VR)-mogelijkheden voor basale 3D-datavisualisatie. Het team streeft ernaar deze te verbeteren door in de toekomst meer meeslepende en gebruiksvriendelijke virtuele omgevingen voor dataverkenning te creëren.

Onderzoekers bij HIRI hebben de tool uitvoerig getest. Ze verzamelden gegevens van verschillende groepen en gaven tijdens het proces continu feedback. Deze gezamenlijke inzet leidde tot een product dat de wetenschappelijke gemeenschap waardeert.

Het werk van het team benadrukt het belang van samenwerken tussen verschillende vakgebieden en instellingen. Professor Erich Schöls van THWS, die samen met Barquist Seeger begeleidde, hoopt op meer samenwerking in de toekomst. Volgens hem is dit nog maar het begin van het ontwikkelen van gebruiksvriendelijke hulpmiddelen voor data-analyse.

sCIRCLE vertegenwoordigt een belangrijke vooruitgang op het gebied van visualisatie van single-cell data. Het is eenvoudig te gebruiken en beschikt over krachtige functies, wat het nuttig maakt voor onderzoekers die werken met grote datasets. De samenwerking tussen bio-informatica en design heeft geleid tot een product dat zowel functioneel als visueel aantrekkelijk is. De ontwikkeling van sCIRCLE opent nieuwe mogelijkheden voor toekomstig onderzoek en kan in de toekomst leiden tot geavanceerdere tools.