Ny studie: tid på dagen kan lösa reproducerbarhetskrisen i mikrobiomforskning

StockholmForskare vid University of California San Diego upptäckte att tarmens mikrobiom förändras beroende på tid på dygnet. Deras studie, som publicerades i Nature Metabolism, visade att olika mikroorganismer är mer aktiva vid olika tidpunkter, där vissa dominerar på morgonen och andra på kvällen. Denna variation kan påverka hur konsekventa resultaten är i mikrobiomforskning.

Forskare har identifierat flera faktorer som påverkar tarmens mikrobiom:

• Kost
• Levnadsförhållanden
• Motion
• Maternal arv
• Tid på dygnet

Studien visade att insamling av prover vid olika tidpunkter på dagen kan ge mycket olika resultat. Till exempel kommer ett avföringsprov taget vid frukost att skilja sig från ett taget före middagen. Dr. Amir Zarrinpar, en gastroenterolog och professor vid UC San Diego School of Medicine, förklarade att tidpunkten för provtagningen kan starkt påverka vilka mikrober som påträffas och hur forskarna tolkar sina resultat i den sjukdom de undersöker.

Efter att ha pratat med en kollega fick Zarrinpar en idé. En forskare i kollegans laboratorium kunde inte återupprepa resultaten från någon som hade arbetat där tidigare. De upptäckte att problemet berodde på när proverna togs. Den tidigare personen tog prover på morgonen, men den nuvarande forskaren tog dem på kvällen. Denna skillnad i tidpunkt gjorde det omöjligt att få samma resultat.

Läs också:

Idag · 11:55

Genombrott i genetiken ger insikter om intellektuella funktionsnedsättningar

Replikeringsproblem har skapat utmaningar inom mikrobiomforskning, delvis eftersom området innefattar många olika discipliner och det är svårt att kontrollera alla variabler. Zarrinpar anser att vetskapen om när man ska samla in prover kan bidra till att lösa detta problem. Han förklarade att för att kunna förmedla våra resultat effektivt, måste vi inse att olika resultat kan bero på tidpunkten för provtagningen. Just nu är det svårt att avgöra om detta faktiskt är fallet.

Denna studie är viktig för forskning om mikrobiomer och andra områden som ämnesomsättning. Även forskare inom olika fält, såsom dygnsrytmik, önskar tydliga regler för när prover ska samlas in.

Zarrinpar planerar att skapa tydliga regler för när och hur man ska samla in prover. Han kommer att samarbeta med andra forskare, finansieringsorganisationer och redaktörer för vetenskapliga tidskrifter. Hans nästa studie kommer att undersöka hur tidpunkten påverkar studier på människor, vilket är mer utmanande att hantera.

Studien finansierades av National Institutes of Health, Soros-stiftelsen och American Hospital Association. Författarna till studien är Celeste Allaband, Amulya Lingaraju, Stephany Flores Ramos, Tanya Kumar, Haniyeh Javaheri, Maria D. Tiu, Ana Carolina Dantas Machado, Roland A. Richter, Emmanuel Elijah, Gabriel G. Haddad, Pieter C. Dorrestein, Rob Knight från University of California San Diego och Vanessa A. Leone från University of Wisconsin-Madison.