Nouvelle étude : l'heure de la journée pourrait résoudre la crise de reproductibilité dans la recherche sur le microbiome

ParisDes chercheurs de l'université de Californie à San Diego ont découvert que le microbiome intestinal varie en fonction de l'heure de la journée. Leur étude, publiée dans Nature Metabolism, a montré que différentes bactéries sont plus actives à différents moments, certaines dominant le matin et d'autres le soir. Cette fluctuation peut influencer la cohérence des résultats dans la recherche sur le microbiome.

Des scientifiques ont identifié plusieurs facteurs influençant le microbiome intestinal :

• Régime alimentaire
• Conditions de vie
• Activité physique
• Lignée maternelle
• Heure de la journée

L'étude a révélé que la collecte d'échantillons à différents moments de la journée peut donner des résultats très variés. Par exemple, un échantillon de selles prélevé au petit déjeuner sera différent de celui prélevé avant le dîner. Le Dr Amir Zarrinpar, gastro-entérologue et professeur à l'École de médecine de l'UC San Diego, a expliqué que le moment de la collecte des échantillons peut grandement influencer les types de microbes trouvés et la manière dont les scientifiques interprètent leurs résultats concernant la maladie étudiée.

Après avoir discuté avec un collègue, Zarrinpar a eu une idée. Un chercheur dans le laboratoire de son collègue n’arrivait pas à reproduire les résultats d’une personne qui y avait travaillé auparavant. Ils ont découvert que le problème venait du moment où les échantillons étaient prélevés. L’ancien chercheur les prenait le matin, alors que le chercheur actuel les prenait le soir. Cette différence de timing rendait impossible l’obtention des mêmes résultats.

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Les problématiques de réplication ont perturbé la recherche en microbiome, notamment en raison de la diversité des disciplines impliquées et de la difficulté à contrôler tous les paramètres. Zarrinpar estime que savoir à quel moment collecter les échantillons peut aider à résoudre ce problème. Il a expliqué que pour communiquer nos résultats de manière efficace, il est crucial de comprendre que des résultats différents peuvent provenir du moment de la collecte des échantillons. À l'heure actuelle, il est difficile de déterminer si tel est le cas.

Cette étude revêt une grande importance pour la recherche sur les microbiomes ainsi que sur d'autres domaines tels que le métabolisme. Les scientifiques de divers secteurs, comme la biologie circadienne, cherchent également des directives claires concernant les moments de prélèvement des échantillons.

Zarrinpar prévoit d'établir des règles claires pour la collecte d'échantillons et collaborera avec d'autres chercheurs, organismes de financement et éditeurs scientifiques. Sa prochaine étude portera sur l'impact du timing dans les recherches humaines, un aspect plus complexe à gérer.

L'étude a été financée par les Instituts Nationaux de la Santé, la Fondation Soros et l'Association Américaine des Hôpitaux. Les auteurs de cette recherche incluent Celeste Allaband, Amulya Lingaraju, Stephany Flores Ramos, Tanya Kumar, Haniyeh Javaheri, Maria D. Tiu, Ana Carolina Dantas Machado, Roland A. Richter, Emmanuel Elijah, Gabriel G. Haddad, Pieter C. Dorrestein, Rob Knight de l'Université de Californie à San Diego, et Vanessa A. Leone de l'Université du Wisconsin-Madison.