Découverte de nouvelles cellules T et de gènes liés aux maladies immunitaires grâce à ReapTEC

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Par Josephine Martin
- dans
Cellules T microscopiques avec des brins d'ADN en arrière-plan

ParisDes chercheurs du RIKEN IMS et de l'université de Kyoto au Japon, ainsi que de l'IFOM ETS en Italie, ont identifié des lymphocytes T auxiliaires rares liés à des troubles immunitaires comme la sclérose en plaques, la polyarthrite rhumatoïde et l'asthme. Leurs découvertes ont été publiées le 4 juillet dans la revue Science.

Une nouvelle technologie appelée ReapTEC a permis cette découverte. ReapTEC identifie les amplificateurs génétiques dans des types rares de cellules T liés à des troubles immunitaires spécifiques. L'équipe a étudié environ un million de cellules T humaines pour dénicher des types de cellules T rares représentant moins de 5% de la population totale de l'échantillon.

Résultats clés:

  • Découverte d'environ 63,000 amplificateurs bidirectionnels actifs dans ces rares cellules T.
  • Présence de variantes génétiques pour des maladies auto-immunes au sein de ces amplificateurs.
  • Association particulière de certains amplificateurs à 18 maladies auto-immunes distinctes.

Les lymphocytes T auxiliaires sont des globules blancs essentiels pour le système immunitaire. Ils détectent les substances nocives et régulent la réponse de défense de l'organisme. Des dysfonctionnements des lymphocytes T peuvent entraîner des maladies. Par exemple, dans la sclérose en plaques, les lymphocytes T attaquent à tort le corps. Dans les allergies, ils réagissent de manière excessive à des éléments comme le pollen.

Des chercheurs ont utilisé des études d'association pangénomique (GWAS) pour comparer les différences génétiques avec leurs données ReapTEC. Ils ont découvert que les variations génétiques liées aux maladies auto-immunes se situaient souvent dans l'ADN des enhancers des rares cellules T qu'ils avaient identifiées. En revanche, les maladies neurologiques ne montraient pas ce schéma, suggérant que ces enhancers sont spécifiquement associés aux maladies immunitaires.

Parmi les 63 000 amplificateurs bidirectionnels, ils ont découvert 606 qui possédaient des polymorphismes nucléotidiques simples liés à diverses maladies immunitaires. Par exemple, l'activation d'un amplificateur associé à la maladie inflammatoire de l'intestin a entraîné une augmentation de l'activité du gène IL7R.

Le Dr Yasuhiro Murakawa, chef de projet de cette recherche, a affirmé que leur nouvelle méthode en génomique peut être utilisée par des chercheurs du monde entier. Il pense que la compréhension de ces processus génétiques permettra de développer de nouveaux traitements pour les maladies immunitaires.

Cette découverte est capitale, car elle permet aux chercheurs de se concentrer sur ces rares cellules T pour développer de nouveaux médicaments. Elle met également en lumière la complexité du système immunitaire et les avantages d'une analyse génomique détaillée. Cette méthode pourrait considérablement améliorer notre compréhension et le traitement des troubles immunitaires.

La création d'un atlas des cellules T accessible au public sera un outil précieux. Les chercheurs du monde entier pourront utiliser ces données pour découvrir de nouvelles options de traitement. Des expériences ultérieures pourraient révéler de nouvelles molécules ciblant ces stimulateurs, aboutissant à de nouvelles thérapies.

Cette recherche a des répercussions considérables sur notre compréhension et notre traitement des maladies touchant de nombreuses personnes. Des études futures basées sur ces données pourraient entraîner d'importantes avancées dans la gestion des affections liées au système immunitaire.

L'étude est publiée ici:

http://dx.doi.org/10.1126/science.add8394

et sa citation officielle - y compris les auteurs et la revue - est

Akiko Oguchi, Akari Suzuki, Shuichiro Komatsu, Hiroyuki Yoshitomi, Shruti Bhagat, Raku Son, Raoul Jean Pierre Bonnal, Shohei Kojima, Masaru Koido, Kazuhiro Takeuchi, Keiko Myouzen, Gyo Inoue, Tomoya Hirai, Hiromi Sano, Yujiro Takegami, Ai Kanemaru, Itaru Yamaguchi, Yuki Ishikawa, Nao Tanaka, Shigeki Hirabayashi, Riyo Konishi, Sho Sekito, Takahiro Inoue, Juha Kere, Shunichi Takeda, Akifumi Takaori-Kondo, Itaru Endo, Shinpei Kawaoka, Hideya Kawaji, Kazuyoshi Ishigaki, Hideki Ueno, Yoshihide Hayashizaki, Massimiliano Pagani, Piero Carninci, Motoko Yanagita, Nicholas Parrish, Chikashi Terao, Kazuhiko Yamamoto, Yasuhiro Murakawa, Matteo Guerrini, Hiroaki Hatano, Kazuyoshi Ishigaki, Yuki Ishikawa, Shuichiro Komatsu, Michihiro Kono, Yasuhiro Murakawa, Masahiro Nakano, Akiko Oguchi, Raku Son, Akari Suzuki, Kazuhiro Takeuchi, Nao Tanaka, Chikashi Terao, Kohei Tomizuka, Kazuhiko Yamamoto, Soichiro Yoshino. An atlas of transcribed enhancers across helper T cell diversity for decoding human diseases. Science, 2024; 385 (6704) DOI: 10.1126/science.add8394
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