La phagothérapie : l'arme de précision contre les superbactéries résistantes aux antibiotiques
ParisAvec l'augmentation de la résistance aux antibiotiques, les médecins s'intéressent de nouveau à la thérapie phagique. Ce traitement utilise des virus appelés bactériophages pour cibler les infections bactériennes et suscite un intérêt croissant pour sa capacité à combattre les super-bactéries. Des scientifiques de l'Institut Pasteur et d'autres groupes ont réalisé une avancée en utilisant l'intelligence artificielle pour sélectionner la meilleure combinaison de phages en fonction du matériel génétique des bactéries. Ce progrès représente une étape cruciale vers des traitements personnalisés pour les infections résistantes aux antibiotiques traditionnels.
Cette nouvelle thérapie présente plusieurs caractéristiques importantes en cours d'évolution.
- Spécificité : Contrairement aux antibiotiques à large spectre, les phages ciblent uniquement les bactéries nuisibles sans nuire aux bactéries bénéfiques.
- Solution évolutive : Les phages évoluent avec les bactéries, offrant ainsi des solutions potentielles à long terme contre la résistance bactérienne.
- Traitements sur mesure : Grâce à l'analyse de l'ADN bactérien, l'IA peut identifier les phages spécifiques capables de combattre efficacement les bactéries concernées.
Thérapie par les phages : une approche ciblée pour combattre les infections
La thérapie par les phages présente un intérêt majeur grâce à sa précision exceptionnelle. Contrairement aux antibiotiques classiques, qui peuvent éliminer un large éventail de bactéries en perturbant le microbiome, les phages ciblent uniquement des souches bactériennes spécifiques. Cette exactitude est à la fois un atout et un défi. Pour utiliser le bon phage, il est essentiel de comprendre les interactions entre bactéries et phages et de disposer d'une base de données solide sur l'efficacité des phages contre divers génomes bactériens.
L'utilisation de l'intelligence artificielle dans cette situation est bénéfique car elle permet d'analyser de grandes quantités de données pour établir des liens entre la génétique bactérienne et la probabilité d'être attaqués par des phages. Par exemple, les chercheurs ont découvert que les phages parviennent davantage à infecter les bactéries en raison des structures de surface bactériennes plutôt que de leurs défenses internes. Cette découverte facilite le choix de phages capables de contourner efficacement les défenses bactériennes.
La thérapie par phages présente des perspectives prometteuses, mais elle se heurte à plusieurs obstacles. Un des principaux problèmes est la réglementation. Dans certains pays comme la France, les phages ne sont autorisés que pour des cas spécifiques avec une approbation rigoureuse. De plus, il est crucial de procéder à des tests approfondis pour s'assurer de l'efficacité des phages, non seulement en laboratoire, mais aussi dans diverses situations réelles.
Le traitement actuel se concentre sur Escherichia coli, mais la thérapie par phages pourrait être bénéfique pour de nombreuses autres bactéries. Les scientifiques souhaitent améliorer le modèle d'IA afin qu'il puisse cibler divers agents pathogènes nuisibles, permettant ainsi des traitements spécifiques pour différentes infections bactériennes.
La thérapie par les phages gagne à nouveau en popularité, offrant un espoir contre la résistance aux antibiotiques. Elle ouvre la voie à des traitements médicaux personnalisés innovants.
L'étude est publiée ici:
http://dx.doi.org/10.1038/s41564-024-01832-5et sa citation officielle - y compris les auteurs et la revue - est
Baptiste Gaborieau, Hugo Vaysset, Florian Tesson, Inès Charachon, Nicolas Dib, Juliette Bernier, Tanguy Dequidt, Héloïse Georjon, Olivier Clermont, Pascal Hersen, Laurent Debarbieux, Jean-Damien Ricard, Erick Denamur, Aude Bernheim. Prediction of strain level phage–host interactions across the Escherichia genus using only genomic information. Nature Microbiology, 2024; 9 (11): 2847 DOI: 10.1038/s41564-024-01832-5
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