Nieuwe methode versnelt geneesmiddelontdekking met data en moleculaire simulaties uit LINCS-database
AmsterdamWetenschappers van de Universiteit van Cincinnati College of Medicine en het Cincinnati Children's Hospital hebben een nieuwe methode ontwikkeld die het ontdekken van medicijnen versnelt en nauwkeuriger maakt. Hun techniek, beschreven op 30 augustus in Science Advances, combineert gegevens van de Library of Integrated Network-based Cellular Signatures (LINCS) met specifieke moleculaire dockingsimulaties. Deze innovatieve aanpak verkort de tijd voor het screenen en beoordelen van potentiële therapeutische verbindingen van maanden tot slechts enkele minuten.
Deze methode biedt verschillende belangrijke kenmerken: het maakt gebruik van de LINCS-database om veel kleine moleculen tegelijk te screenen, voert dockingsimulaties uit om te zien hoe deze moleculen met specifieke eiwitdoelen interageren, en biedt snellere screening om mogelijk effectieve verbindingen efficiënter en nauwkeuriger te identificeren.
Alex Thorman, PhD, een van de mede-auteurs van de studie, benadrukte hoe belangrijk deze nieuwe methode is. Het kan het proces van het vinden van nieuwe medicijnen aanzienlijk versnellen, wat essentieel is tijdens gezondheidscrises zoals de COVID-19-pandemie. Normaal gesproken duurt het jaren om nieuwe medicijnen te vinden en goed te keuren. Deze nieuwe benadering zou dat proces kunnen verkorten tot slechts enkele maanden, wat een grote vooruitgang is.
Gebruik van de LINCS-database en moleculaire simulaties is essentieel voor precisiegeneeskunde. Deze methode maakt het eenvoudiger om behandelingen te ontwikkelen die zijn afgestemd op iemands unieke genetische samenstelling, leefomgeving en levensstijl. Door beter te bepalen welke verbindingen het meest effectief zijn, kunnen behandelingen nauwkeuriger worden aangepast, wat leidt tot verbeterde patiëntresultaten.
Deze methode kan helpen bij het ontwikkelen van behandelingen voor ziektes zoals sommige vormen van kanker, waarvoor momenteel geen genezing bestaat. Dankzij de gedetailleerde informatie in de LINCS-database en nauwkeurige moleculaire simulaties, kunnen veelbelovende geneesmiddelen ontdekt worden die eerder over het hoofd werden gezien door oudere, tragere methoden.
Jim Reigle, PhD, en Somchai Chutipongtanate, PhD, de twee hoofdauteurs, werkten samen met senior auteurs Jarek Meller, PhD, en Andrew Herr, PhD. Hun diverse expertise versterkt de studie. Deze samenwerking benadrukt het belang van het combineren van biostatistiek, gezondheidsinformatica, immunobiologie en volksgezondheidswetenschappen om uitdagende medische problemen aan te pakken.
Verschillende subsidies, zoals die van de National Institutes of Health en het Department of Veterans Affairs, tonen aan dat dit onderzoek breed erkend wordt voor zijn potentiële impact. Daarnaast wijst de indiening van drie Amerikaanse patenten met betrekking tot dit werk op sterke commerciële interesse en mogelijke toekomstige toepassingen in de ontwikkeling van medicijnen.
Grote hoeveelheden data combineren met gedetailleerde moleculaire simulaties vormt een belangrijke vooruitgang in de zoektocht naar nieuwe medicijnen. Deze innovatieve methode belooft het ontwikkelingsproces te versnellen en te verfijnen, waardoor toekomstige behandelingen verbeteren en hoop bieden aan patiënten met ongeneeslijke ziekten.
De studie is hier gepubliceerd:
http://dx.doi.org/10.1126/sciadv.adj3010en de officiële citatie - inclusief auteurs en tijdschrift - is
Alexander W. Thorman, James Reigle, Somchai Chutipongtanate, Juechen Yang, Behrouz Shamsaei, Marcin Pilarczyk, Mehdi Fazel-Najafabadi, Rafal Adamczak, Michal Kouril, Surbhi Bhatnagar, Sarah Hummel, Wen Niu, Ardythe L. Morrow, Maria F. Czyzyk-Krzeska, Robert McCullumsmith, William Seibel, Nicolas Nassar, Yi Zheng, David A. Hildeman, Mario Medvedovic, Andrew B. Herr, Jarek Meller. Accelerating drug discovery and repurposing by combining transcriptional signature connectivity with docking. Science Advances, 2024; 10 (35) DOI: 10.1126/sciadv.adj3010Deel dit artikel