Candycrunch : une IA révolutionnaire accélère la détection du cancer par l'analyse du sucre
ParisDes chercheurs de l'Université de Göteborg ont mis au point un modèle d'IA nommé Candycrunch qui améliore la détection du cancer en analysant les niveaux de sucre. Candycrunch détecte les anomalies de manière plus rapide et précise par rapport aux méthodes semi-manuelles actuelles.
Les glycannes sont des structures sucrées présentes dans nos cellules. Elles peuvent être mesurées par spectrométrie de masse et révéler différents types de cancers. Le modèle d'IA facilite cette analyse.
- Automatise l'analyse des données de fragmentation des glycanes
- Fournit des résultats en quelques secondes pour chaque test
- Montre un taux d'exactitude de 90% dans la détermination de la structure exacte du sucre
L'analyse des données de fragmentation des glycans demande beaucoup de temps et de compétences spécialisées. Seuls quelques experts sont capables de le faire, nécessitant parfois des heures, voire des jours, pour chaque échantillon. Cela s'explique par la nécessité d'examiner minutieusement les données pour déterminer la structure des glycans. Ce processus s'acquiert au fil de nombreuses années d'expérience.
Candycrunch exécute rapidement ces tâches complexes grâce à l'IA. Il accomplit des travaux en quelques secondes qui nécessitent habituellement beaucoup plus de temps. Les résultats sont publiés dans la revue Nature Methods.
Candycrunch a été formé à partir d'une vaste base de données contenant plus de 500 000 exemples de différentes fragmentations et structures de sucre. Cette formation approfondie permet à Candycrunch d'être extrêmement précis.
Daniel Bojar, maître de conférences en bioinformatique à l'Université de Göteborg, affirme que leur modèle identifie correctement la structure des sucres dans 90% des cas. Cela laisse entendre que l'IA pourrait bientôt atteindre une précision comparable à celle des méthodes utilisées pour séquencer l'ADN, l'ARN et les protéines.
Le modèle d'IA est rapide et précis, facilitant l'identification des biomarqueurs basés sur les glycannes plus rapidement. Ces biomarqueurs sont essentiels pour le diagnostic et la prédiction du cancer, ce qui peut représenter une avancée majeure dans la recherche sur le cancer.
Le modèle d'IA peut détecter des structures sucrées que les humains pourraient ne pas remarquer. Cela est particulièrement utile pour repérer des structures sucrées en très petites quantités. Ces structures sucrées peuvent devenir de nouveaux outils pour la recherche.
Candycrunch devrait faciliter l’analyse des glycanes dans la recherche biologique et clinique. En effet, le modèle d’IA a automatisé la partie la plus chronophage, à savoir l’analyse manuelle des données.
Daniel Bojar est convaincu que l'automatisation permettra de découvrir de nouveaux biomarqueurs. Ainsi, davantage de chercheurs pourront explorer les glycanes sans formation spécialisée. Le modèle d'IA promet d'améliorer la détection du cancer à l'avenir.
L'étude est publiée ici:
http://dx.doi.org/10.1038/s41592-024-02314-6et sa citation officielle - y compris les auteurs et la revue - est
James Urban, Chunsheng Jin, Kristina A. Thomsson, Niclas G. Karlsson, Callum M. Ives, Elisa Fadda, Daniel Bojar. Predicting glycan structure from tandem mass spectrometry via deep learning. Nature Methods, 2024; DOI: 10.1038/s41592-024-02314-618 novembre 2024 · 14:36
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