KI-Tool Candycrunch revolutioniert die Krebsforschung: erkennt Zuckerstrukturen blitzschnell und präzise

Lesezeit: 2 Minuten
Durch Ernst Müller
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KI analysiert Zucker und enthüllt schnell Krebszellen.

BerlinForscher der Universität Göteborg haben ein KI-Werkzeug entwickelt, das die Krebsdiagnose durch die Untersuchung von Glykanen verbessert. Glykanen sind Zuckergruppen in unseren Zellen, die auf unterschiedliche Krebsarten hinweisen können. Derzeit wird zur Messung von Glykanen Massenspektrometrie eingesetzt, doch die Analyse muss manuell erfolgen. Diese manuelle Arbeit ist langsam und kann von wenigen Stunden bis zu mehreren Tagen pro Probe dauern. Nur eine Handvoll Experten weltweit kann diese Analysen mit hoher Genauigkeit durchführen.

AI-Modell Candycrunch revolutioniert Glykansanalysen

Das Team hat das KI-Modell namens Candycrunch vorgestellt, um diesen manuellen Prozess zu automatisieren. Das Modell bewältigt die Aufgabe in Sekunden. Die Ergebnisse wurden in der Zeitschrift Nature Methods veröffentlicht. Die neue Methode beinhaltet das Training der KI mit einer Datenbank, die Folgendes umfasst:

  • Über 500.000 Beispiele verschiedener Glykane-Fragmentierungen
  • Zugehörige Strukturen von Zuckermolekülen

Candycrunch kann die Zuckerstruktur in einer Probe mit 90%iger Genauigkeit bestimmen. Daniel Bojar, Dozent für Bioinformatik an der Universität Göteborg, erklärt, dass diese Genauigkeit vergleichbar ist mit anderen biologischen Sequenzanalysen wie DNA, RNA oder Proteinen.

Das schnelle KI-Modell entdeckt zügig glykanbasierte Biomarker, die bei der Diagnose und Vorhersage von Krebs helfen. Dank der Automatisierung von Candycrunch werden diese Glykan-Analysen einfacher und könnten somit häufiger in der biologischen und klinischen Forschung eingesetzt werden.

Candycrunch kann Strukturen erkennen, die bei menschlichen Analysen oft unentdeckt bleiben, da sie nur in geringen Mengen vorhanden sind. Diese Fähigkeit unterstützt Forscher dabei, neue biologische Marker im Zusammenhang mit Glykanen zu entdecken. Daniel Bojar ist der Ansicht, dass dieser Fortschritt die Nutzung von Glykan-Analysen in der Krebsforschung und anderen Bereichen ausweiten wird.

Früher war die manuelle Analyse von Glykanen zeitaufwendig und erschwerte die Krebserkennung, insbesondere bei vielen Proben. Heute kann ein KI-Modell die Daten schnell verarbeiten, wodurch die Arbeit schneller und präziser wird. Diese Automatisierung erleichtert das Auffinden von Krebsanzeichen erheblich.

Das KI-Modell arbeitet schnell und präzise, sodass mehr Proben schneller überprüft werden können. Vor Candycrunch konnten nur wenige Experten diese detaillierte Arbeit leisten. Durch die Automatisierung des Prozesses gibt es eine größere Chance, Krebs frühzeitig zu erkennen, was entscheidend für Behandlung und Ergebnis ist.

Das neue KI-Modell „Candycrunch“ der Universität Göteborg revolutioniert die Analyse von Glykanen zur Krebsfrüherkennung, indem es den Prozess schneller und zuverlässiger macht und zudem weniger menschliche Fachkenntnisse erfordert. Diese Methode bietet bedeutende Fortschritte für die Krebsforschung und -behandlung.

Die Studie wird hier veröffentlicht:

http://dx.doi.org/10.1038/s41592-024-02314-6

und seine offizielle Zitation - einschließlich Autoren und Zeitschrift - lautet

James Urban, Chunsheng Jin, Kristina A. Thomsson, Niclas G. Karlsson, Callum M. Ives, Elisa Fadda, Daniel Bojar. Predicting glycan structure from tandem mass spectrometry via deep learning. Nature Methods, 2024; DOI: 10.1038/s41592-024-02314-6
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